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在2月中旬，日本理化學研究所RIKEN和《自然》方面分別就小保方晴子所遭受的學術不端指控開展了相關調查行動。 3月5日，RIKEN向外界公布了更多關于STAP細胞制備過程的詳細情況， 并表示小保方研究中的其他實驗方法將會發表在《自然》期刊的“實驗方法交流” (Protocol Exchange)網頁上。
4月1日，理研調查委員會公布最終調查結果，認定小保方晴子存在捏造及篡改共兩項學術不端行為。 但小保方晴子既沒有出席結果公布會，也并不服理研的結論。 她對外在一項聲明中稱自己“心中滿是吃驚及憤怒”，并表示自己的行為并非“學術不端”，而只是“無心之失”。
緊接著，更嚴重的問題出現了。 小保方晴子在《自然》上發表的文章，明顯重復使用了兩張其博士學位論文上的圖片，當時該圖片是用于表示該細胞原本就處于胚胎狀態的，而非STAP之后變為胚胎狀態。 這引發了一系列要求《自然》撤回該文章的呼吁，最具破壞性的呼吁來自于該文章其中一位共同作者：山梨大學的克隆專家若山照彥，他表示對該文章已經失去信心。
12月19日早上當地時間10:30分 (北京時間9:30)，理化學研究所公開實驗結果，小保方晴子沒有出席記者會，但發布了一封公開信。 小保方晴子 (Obokata Haruko)和同事發現，將從新生小鼠身上分離的細胞暴露在弱酸性的環境中，能夠使細胞恢復到未分化狀態，并使其具備分化成任何細胞類型的潛能。 他們將這種現象稱之為“刺激觸發的多能性獲得” (STAP)。 2014年1月29日，小保方團隊將兩篇研究論文發表在《自然》上——是的，兩篇Nature，同一天內。 論文一發表就引起學界極大震動，一方面帶來一片驚嘆聲，另一方面也引起部分人的懷疑。